De bovenbouw van het havo en vwo is sinds 1998 vernieuwd tot de tweede fase. De opzet van de tweede fase is per 2007 herzien, waarbij de organiseerbaarheid en keuzevrijheid voor scholen en leerlingen is vergroot. Het doel van de tweede fase is een verbetering van de aansluiting tussen het voortgezet en het hoger onderwijs.